忍者新之助登场！原来小新并不是野原家的小孩？ ！

小新在野原家度过五年如云霄飞车般刺激却又和平的每一天，某天，一名自称屁祖隐千代女的女性来到了野原家，她告诉广志跟美冴：「其实我是新之助真正的母亲。」，而她身旁站着一位名叫珍藏的5岁少年。

千代女的一席话让野原一家十分困惑，但也不能将他们赶回去，只好让他们两个留下来过夜。

那天晚上，神秘的忍者军团突然袭击了野原家！原来千代女是从忍者村逃出来的女忍者，

正被人追捕中！忍者军团认为小新是她的儿子，所以也将小新一起抓走了…。

在忍者村，有个封印着地球能量的「地球肚脐」，屁祖隐家以代代相传的「幽灵之术」，用纯金的塞子塞住它，一直守护着它。要是塞子掉了，地球能量就会外泄，导致地球枯萎，停止自转，这样世界就再也无法迎接明日了！

继承了屁祖隐名号的儿子〝屁祖隐新之助〞，有办法守护地球的未来还有家人的明日吗？ ！