通往5個異世界的門開啟，被稱作「Z/X」的生物們出現在這世界上的數年後 紛爭不斷的人類與Z/X之間的關係也逐漸安定 主角"各務原安曇"在5個異世界的其中1個「青之世界」治療重病，代價是與名為"莉潔兒"的Z/X成為搭檔，而且被指派進入「富士御崎學園」就讀。 入學日當天，學校被捲入了與「伊涅魯瑪」的戰鬥，「伊涅魯瑪」是足以毀滅世界的存在 戰亂之中，"安曇"偶然與學校為了對抗伊涅魯瑪而建的傳動軸以及4位學生相遇，與她們起身對抗「伊涅魯瑪」，遇到危機時拯救她們的是學校的學生會小隊。 臨時組成小隊的她們成為正式小隊，與學校的夥伴們一同投身與「伊涅魯瑪」的戰爭中。