這裡是位於東京西部的巨大「學園都市」。在這總人口多達230萬、其中有大約八成是學生的都市內，學生們接受學園都市施行的超能力開發特殊課程，並根據能力被區分成「無能力（Level0）」至「超能力（Level5）」的六個階段。而一方通行在這學園都市中，更是君臨於能力者頂點的最強能力者。在總數只有七位的「超能力者」中，以出類拔萃的能力位居第一名寶座的他，因為自身的力量而過著殺氣騰騰的日常生活。他在反覆進行著脫離常軌的「實驗」、追求絕對性力量的過程最後嚐到了敗北的滋味。在那之後，因為與一位少女．最後之作的相遇，使他的命運產生了巨大的變化。最強最凶之「惡」．一方通行，即將排除學園都市之中的「黑暗」！