2047年 東京。即將開始極限的假想格鬥，即將到來的『永恆之夜』－用這雙手去保護《加速世界》的未來！ 在網路上的虛擬世界進行的線上行對戰遊戲《Brain Burst 》。身為玩家的《超頻連線者 》們在比現實要快速1000倍的《加速》世界享受著對戰。 私立的梅鄉中學的有田春雪也是其中一人。是以高圓寺為據點的《黑暗星雲》內的其中一員。跟《軍團》隊長的黑雪公主一起在涉谷區域進行《領土戰》。而《加速世界》突然有了《變遷》和黑色的巨大龍捲風，接著連線突然被切斷。本來應該不可能發生的不可思議現象，漸漸的發生在《加速世界》裡。被龍卷風包圍的區域也變得不能《加速》了….. 到底《加速世界》發生了什麼事呢？為了要找出原因春雪跟夥伴們向黑色龍捲風邁進…….